Công trình nghiên cứu của Giáo sư Tiến sĩ Lê Mạnh Thát về lịch sử và văn học Phật giáo Việt Nam gồm 26 tác phẩm với 18.322 trang, 5 bài nghiên cứu chuyên ngành gồm 140 trang, 4 tác phẩm về các đề tài Phật học 1.436 trang

• Lịch sử Phật giáo Việt Nam - 3 tập. Nhà xuất bản Tổng hợp Thành phố Hồ Chí Minh phát hành năm 2006.
• Tổng tập Văn Học Phật giáo Việt Nam - 3 tập. Nhà xuất bản Tổng hợp Thành phố Hồ Chí Minh phát hành năm 2006.
• Lục độ tập kinh và lịch sử khởi nguồn của dân tộc ta.
• Toàn tập Minh Châu Hương Hải.
• Toàn tập Trần Thái Tông.
• Toàn tập Trần Nhân Tông.
• Toàn tập Toàn Nhật Quang Đài.
• Nghiên cứu về Mâu Tử - 2 tập.
• Chân Đạo Chánh Thống.
• Lịch sử Âm nhạc Phật giáo Việt Nam.
• Tự điển Bách Khoa Phật giáo Việt Nam - 2 tập.
• The Philosophy of Vasubandhu.
• Ngữ pháp tiếng Phạn